Gabungan "Sayap Kiri" menggambarkan dirinya sebagai "Front Demokrasi Rakyat" dan mengecam Perjanjian "Renville", yang mana kerajaan Amir telah merundingkan sendiri.[7] Pada bulan Ogos 1948, Musso, pemimpin PKI pada tahun 1920, tiba di Yogyakarta dari Kesatuan Soviet. Amir dan pimpinan Front Demokratik Rakyat segera menerima kewibawaannya, dan Amir mengakui keanggotaan PKI bawah tanah sejak tahun 1935. Mengikut pemikiran Stalinis Musso tentang satu pihak kelas pekerja, parti-parti kiri kiri dalam parti itu membubarkan diri mereka ke dalam PKI.[7]

Berikutan aksi perindustrian, demonstrasi, dan perang terbuka berikutnya antara PKI dan pasukan pro-pemerintah di Jawa Tengah, Surakarta, pada 18 September sekumpulan penyokong PKI mengambil alih titik strategis di kawasan Madiun. Mereka membunuh pegawai-pegawai pro-kerajaan, dan mengumumkan melalui radio pembentukan kerajaan baru "Barisan Nasional". Ditangkap oleh percubaan rampasan awal, Musso, Amir dan pemimpin PKI yang lain pergi ke Madiun untuk bertanggungjawab.[7] Pada keesokan harinya, kira-kira 200 pro-PKI dan pemimpin kiri kiri yang lain yang tinggal di Yogyakarta telah ditangkap. Sukarno mengecam pemberontak-pemberontak Madiun melalui radio, dan menyeru orang Indonesia untuk mengadakan perhimpunan untuk dirinya sendiri dan Hatta daripada Musso dan rancangannya untuk kerajaan gaya Soviet. Musso membalas radio bahawa dia akan bertarung sampai selesai, manakala Front Demokrasi Rakyat di Banten dan Sumatera mengumumkan bahawa mereka tidak ada kaitan dengan pemberontakan itu.[7]

Pada minggu-minggu berikutnya, pasukan pro-kerajaan, yang diketuai oleh Bahagian Siliwangi, berarak di Madiun di mana terdapat kira-kira 5,000-10,000 tentera pro-PKI. Apabila pemberontak berundur, mereka membunuh para pemimpin dan pegawai Masyumi dan PNI, dan di kampung-kampung pembunuhan berlaku di sepanjang garis santri-abangan. Pada 30 September, pemberontak meninggalkan bandar Madiun, dan diikuti tentera pro-kerajaan melalui kawasan pedalaman. Musso dibunuh pada 31 Oktober yang cuba melarikan diri.[7]

Amir dan 300 tentera pemberontak ditangkap oleh pasukan Siliwangi pada 1 Disember. Sekitar 35,000 orang kemudian ditangkap. Dianggarkan mungkin 8,000 orang terbunuh dalam kejadian itu. Sebagai sebahagian daripada serangan ketenteraan utama kedua terhadap Republik, pada 19 Disember tentera Belanda menduduki bandar Yogyakarta dan kerajaan Republikan ditawan, termasuk Sukarno, Hatta, Agus Salim, dan Sjahrir. Pasukan Republikan menarik diri ke pedalaman yang memulakan perang gerila berskala besar di kedua-dua belah garis van Mook. Daripada membebaskan pelepasan mereka, tentera membunuh Amir dan lima puluh orang tahanan kiri lain kerana menarik diri dari Yogyakarta malam itu.[7]